1月22日  汪精卫与日本政府于1939年12月30日签定的卖国密约被披露。从次日起，《新华日报》接连发表社论痛斥卖国投降言论，再次有效助推了重庆各界人士反汪高潮的兴起。３月３０日南京伪“国民政府”出笼后，进步舆论还针对国民党顽固派发动的反共逆流，号召人民起来反对一切公开和暗藏的汪精卫，坚持抗战，反对投降；坚持团结，反对分裂；坚持进步，反对倒退。通过反复掀起的讨汪批汪运动，使得汪精卫等汉奸卖国贼声名狼藉，使得暗藏的投降派有所顾忌。

１月  中共重庆市委重新建立。市委书记由川东特委工运部长王致中担任，组织部长郭汶、宣传部长赵利锋、妇委书记汪敏、委员兼城区区委书记甘丹。同年9、10月，王致中、赵利锋、郭汶先后被调离，市委改组，由江涛（莫止）接任书记，汪敏接任组织部长，刘传接任宣传部长兼江北县委书记。市委所辖有城区、新市区、化龙桥区（同年6月撤销，所属组织划给新市区委）、沙磁区（同年8月划归重庆市委领导，在此之前，沙磁区中心区委由川东特委直接领导）、江北县、巴县。市委建立后，继续加强党员的教育，进行巩固党的工作，党的发展基本停止。

△重属联中发生反对学校当局开除进步学生的学潮。在川东特委青委直接领导下，长寿特支和联中党支部采取正确策略，抓住校长贪污公款等劣迹，团结大多数师生向各界发出呼吁。《新华日报》发表社论表示支持，社会各方纷纷表示同情和援助。最终迫使教育当局接受学生提出的撤换校长，恢复被开除学生学籍，不追究参加学潮的师生等要求。学潮在取得成果后适时结束，保护了党的组织和学运骨干。

3月8日  在南方局妇委的推动下，“全国新生活妇女指导委员会”在重庆召开“三八”纪念大会，１万余妇女参加。妇女界进步人士相继发言，一致强烈声讨汪精卫，要求团结抗战，保障女权。会后发起的妇女界反汪签名运动。在整个抗战期间，妇女界进步力量在重庆都比较活跃。

3月14日  国民党顽固派在成都制造“抢米事件”，陷害共产党，查封《新华日报》成都分销处，逮捕川康特委和分销处的负责人罗世文，抗日群众领袖、共产党员车耀先等10余人，成为国民党顽固派制造系列反共事件的开端。为揭露事实真相和国民党顽固派的阴谋，南方局以“中共成都市委”名义起草了“告同胞书”在成渝等地散发。成都“抢米事件”前后，国民党特务在四川各地破坏中共党组织。随即，川东地区先后发生南充中心县委、梁大中心县委以及5县工委所属组织遭破坏事件，一些共产党员被逮捕，环境日益恶劣。自此后，党领导的公开群众运动基本停止。

5月4日  毛泽东为中共中央起草给南方局的指示信—《放手发展抗日力量，抵抗反共顽固派的进攻》，强调：党在国统区的工作方针应是“荫蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”，反对急性和暴露。对顽固派斗争的策略应是“有理、有利、有节”，“利用一切可以利用的法律、命令和社会习惯所许可的范围，稳扎稳打地进行斗争和积蓄力量”。在党员被迫加入国民党时，即加入之；对于地方保甲和一般团体应广泛打入之；在国民党部队中应广泛开展交朋友的活动。党的基本方针是发展进步势力，争取中间势力，孤立顽固势力，用以克服投降危险，争取时局好转。同时要充分准备应付可能发生的突然事变。在国统区党的机关应极端秘密，应十分注意保护干部，凡有被捕杀危险的公开或半公开了的干部应转移隐蔽起来。这是抗战中期以后，中央对国统区工作方针的一次最全面的指示，成为国统区工作的指南。

5月  国民党当局捏造邹韬奋、沙千里、沈钧儒将鼓动军委会政治部设于綦江的战干团学生举行暴动，派武装特务严密监视邹、沙、沈的行动和住所。同时对战干团一些进步青年严刑拷问，杀害270人，致伤400余人，制造了“綦江战干团惨案”。

6月  川东特委派张家壁等到涪陵建立涪（陵）、长（寿）、丰（都）、石（柱）、忠（县）五县工作委员会，属川东特委领导，书记张家壁，组织委员张利生（李思源），宣传委员沙逸瀛，农民委员廖方村。暑假期间，五县工委在丰都召开第二次会议，讨论党的巩固问题。会议对停止发展党员、审查和隐蔽党员、干部以及加强政治思想、秘密工作、组织纪律、气节教育等问题作了认真研究。

7月2日、6日  南方局召开常委会讨论川东党的工作。廖志高在会上报告了半年来川东和重庆的工作。叶剑英、博古、邓颖超、孔原、刘晓在会上发言认为，川东是国民党直接统治地区的中心地区，情况特殊，环境艰苦困难；川东的工作经过努力取得了成绩，但不能乐观，川东的党组织还没有完全巩固；今后应进一步贯彻执行中央“荫蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的指示，特别是川东党的工作，就时局、工作估计、斗争策略、群众工作和统战工作、组织工作、审查干部、肃清内奸、秘密工作方法等问题，以及特委与南方局的联系方法问题，作了详细的指示。会议之后，川东特委根据中央和南方局的指示，在前一段加强巩固党的基础上，进一步贯彻隐蔽方针，在实践中逐步形成了一整套工作方法，主要包括：党的各级组织之间，上下级之间实行单线联系，建立平行组织，严禁发生横的关系；实行精干政策，减少各级委员会，必要时只一人负责，不成立委员会；公开工作与秘密工作机关、从事上层活动与下层活动的干部严格分开；党员和干部做到职业化、社会化、合法化；及时转移暴露危险的人员，党员转移后，实行转地不转党；充分利用合法形式，参加到合法团体，甚至国民党党政机关中去，通过广交朋友的方式开展工作；利用各类社会关系作掩护等等。由于隐蔽方针的贯彻，在国民党发动的几次反共高潮中，川东和重庆党组织未受到严重破坏，主要领导机关和骨干力量基本上得到了保存。

8月  由于内奸邹韵宜（时任观音桥小学党支部书记）的破坏，江北县委委员向德仑被中统特务逮捕。以后又数次发生江北县党组织被破坏、党员被捕的事件，并牵连到重庆市内。川东特委、重庆市委紧急疏散了三任县委书记，并派人清查内奸。到1941年春，邹韵宜的面目暴露。

8月至9月  根据南方局决定，孔原在巴县木洞镇建立中共西南工作委员会。西南工委以孔原为书记，钱瑛、廖志高、于江震、蔡书彬等先后为委员，负责领导川东特委、川康特委、贵州省临工委、云南省工委、湘鄂西区党委的工作。同年冬，孔原在木洞被国民党特务发现，南方局获悉后立即通知孔原返回八路军办事处。“皖南事变”后，南方局派钱瑛为西南工委书记，去成都组织机关。这年冬，因环境恶劣，钱瑛撤回重庆。1942年春，西南工委撤销。

10月  川东特委决定成立巴县中心县委。书记赖绍尧（何作柱），组织部长罗浩，宣传部长严慕苏。中心县委辖巴县、綦江、南川、长寿、永川、荣昌、隆昌、江津和黔北部分地区的党组织，以及重庆市内部分党组织。巴县中心县委机关常驻重庆，与重庆市委平行开展工作。1942年5月以后，巴县中心县委成员只有萧泽宽、李治平两人，一直坚持到抗战胜利结束时，中心县委保持了完整的组织系统。